The Eminence in Shadow racconta la storia di Cid che ha sempre sognato di agire nell'ombra.
A lui non interessa interpretare la parte del protagonista o boss di finale, preferisce starsene in disparte e agire da dietro le quinte.
Naturalmente questo non era possibile nella sua vita passata, ma ora che si è reincarnato in un altro mondo dove la magia è realtà, può dare vita al suo sogno.
Oltre ad essere un genio, Cid ha un'incredibile fantasia, infatti crea scherzosamente una sua organizzazione e si inventa una storia su un culto malvagio.
Anche se è solo frutto della sua immaginazione, la storia inizierà a diventare realtà...

La Terra, un tempo dominata dagli umani, vede all'improvviso la comparsa di demoni e mostri: l'80% del mondo viene così perso per sempre e l'umanità costretta ad abituarsi alla nuova realtà. Allo stesso tempo, tuttavia, gli umani iniziano ad essere dotati di determinate classi fin dalla nascita; insieme ad esse, inoltre, compare un sistema basato sui livelli di forza. Se le classi più potenti, come Eroi, Re e Saggi, possono aspirare a raggiungere un alto livello, la grande maggioranza dell'umanità, costituita da semplici Paesani, sembra destinata a rimanere debole per il resto della propria vita.
Questa è la storia di Kouji Kagami, un Paesano misteriosamente riuscito a raggiungere il livello 999.